当診療所は「寿の住人に必要な医療サービスを提供する」という趣旨への賛同者から寄付を募り、1996年4月に開設されました。

元院長の田中俊夫は昭和40年（1965）から八年間、横浜市の「寿生活館（当時）」という、生活相談所に勤務していましたが、当時、寿町の人々にとって、一般の医療機関が、かなり掛かりにくいものであり（違和感を持って迎えられる等）、またそのためもあって、治療の中断が多く、一般地域の人々に比べて、かなり若年で死を迎えてしまう人々が多かった。このため「何とか医療をもっと身近な、隣の家に行くように気軽に掛かれるものにしていきたい」との切実な願いがありました。

そこで、以前から寿町にて活動していたボランティアグループで知り合っていた仲間や医療・福祉関係友人と協力し、1995年11月に設立準備会を発足。「ことぶき共同診療所設立趣意書」を作り、六つの基本方針を決めました。そこには「時間的、場所的、応対的に、患者さんが来やすい診療所にしていくこと。いわゆる敷居の低いこと」が診療所の基本的な理念とされました。そして、翌1996年4月の開設となりました。

診療科目は当初は精神科・内科だけでしたが、現在は整形外科も加わり、全般的なプライマリーケアを行っています。また、鍼灸院、精神科デイケアも併設されており、生活のサポートをしています。